臭氧是氧的同素異形體具有很強的氧化性，通過在較短的時間內破壞其他微生物結構，使之失去生存能力，殺菌速度快，當其濃度到數值后，殺菌甚至可以完成。
臭氧以氧原子的氧化作用破壞微生物膜的結構，以實現(xiàn)殺菌。臭氧能與壁脂類的雙鍵反應， 穿入菌體內部，作用于蛋白和脂多糖，改變通透性。臭氧還作用于內的核物質，如核酸中的嘌呤和嘧啶破壞DNA。臭氧先作用于膜，使膜構成成份受損傷，而導致新陳代謝障礙，臭氧繼續(xù)滲透穿透膜，而破壞膜內脂蛋白和脂多糖，改變通透性，導致溶解。
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